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Startschuss für Galaxy Europe

Open-Source-Plattform bietet Service für die Analyse großer Datenmengen in den Lebenswissenschaften

Freiburg, 15.03.2018

Der neue Server usegalaxy.eu hat anlässlich einer Konferenz an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg offiziell den Betrieb aufgenommen. Galaxy ist eine Open-Source-Plattform für die Analyse von Big Data in den Lebenswissenschaften, die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler über einen Internetbrowser benutzen können. Kenntnisse im Programmieren sind dafür nicht erforderlich: Alle Einstellungen lassen sich über eine grafisch aufbereitete Oberfläche vornehmen. Schon zuvor haben Forscherinnen und Forscher aus ganz Europa auf den in Freiburg koordinierten Service zurückgegriffen. „Wir verzeichnen bisher etwa 900 Nutzerinnen und Nutzer aus 55 Arbeitsgruppen, und innerhalb eines Jahres wurden etwa eine Million Anfragen auf unserem Server gerechnet“, berichtet Dr. Björn Grüning, der das Freiburger Galaxy-Team leitet. „Wir gehen davon aus, dass diese Zahlen weiter steigen werden.“

Die Möglichkeiten von Big Data verändern viele Forschungsprozesse in den Lebenswissenschaften grundlegend: An die Stelle überschaubarer Versuchsanordnungen treten oft Analysen, die Hunderttausenden einzelner Experimente entsprechen. „Um in der weltweiten Spitzenforschung dabei zu sein, braucht es statistische Methoden, eine qualitativ hochwertige Datenanalyse und hohe Rechenkapazitäten“, sagt Grüning. Die Bandbreite der Themen, die Nutzerinnen und Nutzer mithilfe von Galaxy bearbeiten, ist schon jetzt groß: Bei der Konferenz stellen sich unter anderem Teams vor, die das Epigenom von Herzmuskelzellen analysieren, Genom-Datenbanken für Insekten aufbauen oder Mechanismen der Genregulation innerhalb von Tumoren untersuchen.

Galaxy wurde an der US-amerikanischen Penn State University initiiert und an der Universität Freiburg im Sonderforschungsbereich „Medizinische Epigenetik“ sowie als Teil des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI) weiterentwickelt. Der neue Europa-Server befindet sich im Rechenzentrum der Universität Freiburg und ist weiterhin als Community-Projekt angelegt. Federführend bleibt das Team der Albert-Ludwigs-Universität um Björn Grüning aus der Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Rolf Backofen am Institut für Informatik. Außerdem veranstaltet das Freiburger Galaxy-Team regelmäßig Trainingskurse für Nutzer, Administratoren und Entwickler an. Das Material ist kostenlos und online frei zugänglich.

 

Galaxy-Projekt

Trainingskurse

Trainingsmaterial

Artikel „Alles in einer Galaxy“, Universitätszeitung uni’leben 01/2017


Kontakt:
Dr. Björn Grüning
Institut für Informatik
Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
Tel.: 0761/203-54130
E-Mail: